依據敬誌黃深淵先生偉績石碑記載：本寺初建於丁巳年(大正六年)由開山惻淨大師籌建 幸賴當年區長晉紳黃深淵先生樂捐福地並發起緣募共襄斯擧方見輝煌寶殿常住三寶俾眾生有所憑依云云。民國十二年，（西元一九二三年）本地善信楊水灌、陳忠、楊竹川等為發起人，邀請黃深淵、陳極、鄭棖、黃相等地方耆德，洽商召集善行堂籌建委員會，舉蕭瓏區長兼金唐殿管理人黃深淵為主任委員兼會計，並聘佳里出身高僧惻淨和尚（俗名：邱溪，西元一八八八年至一九五三年）主持會務兼管理金唐殿。委員會並決議願將該金唐殿後面空餘之廟有土地（佳里段一六五九號），該土地永久存續且無償供給善行堂作為建築基地之用，絕無異議！因此特立承諾書乙份以資為據。此外各委員均捐款獻地，於是開始興建大士殿（又名觀音殿），至民國十三年（西元一九二四年）元月大士殿落成，一座三間起，兩邊「伸手」各三間的閩南式平房建築，伸手之後又各有男女寺眾禪房。乃請惻淨和尚任住持，維持堂務，同時並繼續兼管理金唐殿。因此善行堂與金唐殿本來就是關係密切之一家。
金唐殿、三寶殿、大士殿等三大殿，係本省民間信仰佛教、道教融合為一整體寺廟典型之建築結構，前殿奉祀王爺等神像，中、後殿則分別奉安三寶佛、觀音佛祖。由金唐殿看來，三寶殿是金唐殿之後殿，由善行堂看來，三寶殿是善行堂的前殿，即善行堂大雄寶殿，寺眾每天都在三寶殿實踐禮佛作早晚課。
民國三十年（西元一九四一年）前，由惻淨和尚創辦「私立南薰幼稚園」是北門郡(即今臺南市佳里區、學甲區、西港區、七股區、將軍區、北門區等地)第一間保育園，當時有三名老師，學生約百餘名，至日本發動太平洋戰爭時結束停辦。
日治末期，日本當局對台灣實施皇民化運動，對宗教方面之統治也不例外，到處拆除台灣民間傳統廟宇，焚毀神像。民國三十三年（西元一九四四年）乃命善行堂納入日本佛教系統，地方先賢善信大德為確保金唐殿聖蹟長存，即改善行堂為金唐山善行寺。金唐殿由善行寺負責管理。自此金唐殿、龍華派齋堂始歸納入佛教。善行寺創建至今已有百餘年之歷史名勝古蹟。
民國四十二年（西元一九五三年）惻淨和尚圓寂，同年證中和尚（俗名：王六，西元一八八九至一九六二）晉任住持，而由定和尚擔任監院。由定和尚（俗名：陳先容，西元一九○四至一九七六）晋任為第三任住持。
民國四十五年（西元一九五六年）由定和尚興建座落位於善行寺之後院會客廳。該廳亦為閩南式平房，南側之「伸手」為安靈堂，北側之「伸手」為餐廳。於是善行寺建築大略完備。
民國五十三年（西元一九六四年）鳩工興建至民國五十八年（西元一九六九年），蓮光寶塔落成，安靈堂骨灰遂移晉蓮光寶塔安奉。
民國六十九年（西元一九八○年），由第四代住持即敝師上傳下妙和尚（俗名：戴連，西元一九一九年至一九九七年）於後院附設「私立善行幼稚園」。聘吳鄭毓真 老師為園長。第二任園長：呂美玲 老師。第三任園長：吳甘錦珠 老師。第四任園長：釋承慧法師（俗名：戴阿秀）。第五任園長：施瑞珍老師。至今尚在續辦中。承蒙真智法師、瓔慧師、果勤師、呂秀英 老師等和多位熱心教育人士如黃瓔田 老師(黃深淵大兒子)、黃春樹 老師、陳金胡 老師(善行幼稚園前身南薰幼稚園第一屆畢業生)等，鼎力協助，使園務蒸蒸日上，校園內充滿了溫馨和慈愛之氣份，誠感三寶之加被。
本園教學基本意旨：a.指導自我學習
b.啟發潛能研究發展 c.鍛鍊強健體魄 d.從學習中養成吃苦精神。
本園正朝這方向做應有努力而邁進中。
中華民國一○八年歲次己亥年九月九日 住持釋會旻撰述
本園正朝這方向做應有努力而邁進中。
中華民國一○八年歲次己亥年九月九日 住持釋會旻撰述